Skip to main content
SUPERVISOR
Naser Ghadiri modaress
ناصر قدیری مدرس (استاد راهنما)
 
STUDENT
Adeleh Mehranfar
عادله مهران فر

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1392

TITLE

Constructing reliable interaction networks based on fuzzy inference and detecting protein complexes
Bioinformatics is a new scientific research area in which computers, specialized software, and databases are exploited to solve biological problems especially in molecular and cellular contexts.A working domain in bioinformatics is protein complex detection. Protein complexes are groups of proteins that collaborate to perform a particular function inside the living cell. In this filed, researchers have focused on designing algorithms to improve this grouping over the proteins. presented algorithms in this filed,identification protein complex from Graph made of the interactive network. A group of these methods A left; MARGIN: 0in 0in 0pt" dir=rtl align=right Keywords : rotein complexes, Protein-protein interaction networks, Biological similarity, Topological similarity, Fuzzy voter, Interval Type-2 Fuzzy Sets
بیوانفورماتیک علم نوینی است که در آن سعی می‌شود با به‌کار گیری از کامپیوتر‌ها و نرم‌افزارهای تخصصی و بانک‌های اطلاعاتی به مسائل بیولوژیکی مخصوصاً در زمینه‌ی مولکولی و سلولی پاسخ دهد. یکی از حوزه‌های کاری بیوانفورماتیک شناسایی کمپلکس‌های پروتئینی است.کمپلکس‌های پروتئینی گروهی از پروتئین‌ها هستند که با همکاری یک‌دیگر فعالیت خاصی را در سلول موجود زنده انجام می‌دهند. در این حوزه طراحی الگوریتمی که به‌توان این گروه‌بندی را بر روی پروتئین‌ها انجام دهد، مورد توجه قرار گرفته‌است. الگوریتم‌های ارائه شده در این حوزه کمپلکس‌های پروتئینی را از روی گراف‌های ساخته شده از شبکه‌های تعاملی شناسایی می‌کنند. دسته‌ای از این روش‌ها بر روی گراف‌های وزن‌دار و دسته‌ای دیگر بر روی گراف‌های بی‌وزن اعمال می‌شوند. متاسفانه مطالعات روی شبکه‌های تعاملی نشان می‌دهد که بیشتر از 50% این تعامل‌ها مثبت کاذب هستند. از این‌رو یک دیدگاه کلی به منظور افزایش دقت در تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی، تعیین وزن برای هر تعامل به کمک داده‌های زیستی و به ‌منظور ساخت شبکه‌ی تعاملی قابل اطمینان است. در این پژوهش برای ساخت شبکه‌ی قابل اطمینان از منابع زیستی مختلفی استفاده شده‌است. با توجه به این‌که همه‌ی داده‌های زیستی دارای خطا می‌باشند، می‌توان با بهره‌گیری دقیق از منابع مختلف و ادغام آن‌ها با استفاده از منطق فازی خطاهای منابع را شناسایی و تأثیر آن‌ها را در تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی کمرنگ‌ کرد. همچنین الگوریتم کلی برای شناسایی کمپلکس‌های پروتئینی با بهره‌ جستن از نقاط قوت سایر الگوریتم‌ها و فرضیات موجود در مورد کمپلکس‌های واقعی ارائه ‌شده‌است. در نتیجه روش پیشنهادی روی مجموعه داده‌هایCollin, Gavin, Krogan و DIP اعمال شد و Precision روی آن‌ها به ترتیب 25/0 ، 23/0، 10/0، 27/0 و F-measure به ترتیب 12/0، 14/0، 04/0، 18/0 بهبود یافت. کلمات کلیدی : کمپلکس‌های پروتئین، شبکه‌های تعاملی پروتئین-پروتئین، شباهت زیستی، شباهت توپولوژیکی، رای‌گیری فازی، سیستم فازی نوع دوم بازه‌ای

ارتقاء امنیت وب با وف بومی