Skip to main content
SUPERVISOR
Seyed Javad Hashemifar,Mojtaba Alaei
سید جواد هاشمی فر (استاد راهنما) مجتبی اعلائی (استاد مشاور)
 
STUDENT
Ahmad Abdolmaleki
احمد عبدالملکی

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده فیزیک
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1390
Recent findings show that the functionality of the proteins is mainly influenced by their folding states, and many of the illnesses are due to misfolding of proteins and peptides. For this reason, investigation of protein folding has recently much attention in ab-initio computational society. The goal of the present project is investigating the effects of metal ion on the folding and optical absorption spectra of the Ac-Ala4-LysH+ proteins. At first, we characterized the more important minima of the potential energy surface of the system using classical force fields and then refined these minima using quantm computations within density functional theory and the full-potential approach. Then the optical absorption spectra of the lowest energy minima were investigate using time-dependent density functional theory and utilization of the pseudo-potential technique. Then the Na + ion was adsorbed to the system and the caps of the system were removed. Similar to the pristine protein, the lowest energy minima of the potential energy surface of the ion adsorbed protein and their absorption spectras were calculated. We observed that the Na + ion replaces some of the Hydrogen bonds with stronger ion-oxygen bond and reduces the absorption spectra intensity. Moreover, these ion oxygen chemical bonds give rises to an annular form for the protein around an axis passing through the Na + ion.
مطالعات اخیر نشان می‌دهد که عملکردپروتئین‌ها ارتباط مستقیمی با نحوه‌ی تا شدنآن‌هادارد و بسیاری از بیماری‌ها ناشی از نادرست تا شدن پروتئین‌ها است.به همین دلیل اخیراًدر جامعه‌یمحاسباتی ابتدا به ساکن، بررسی نحوه‌ی تا شدن پروتئین‌ها مورد علاقه زیادی قرار گرفته است. هدف پروژه‌ی حاضر بررسی اثر یون‌های فلزی بر نحوه‌ی تا شدن و خواص اپتیکیپروتئین‌ها است. برای این کار ابتدا با استفاده از میدان‌های نیروی کلاسیکیکمینه‌هایمهم‌تر سطح انرژی پتانسیل سیستم را تعیین کردیم و سپس با استفاده از محاسبات کوانتومی در چارچوب نظریه تابعی چگالی و رهیافت پتانسیل کامل به بررسی دقیق‌تر این کمینه‌ها پرداختیم. در ادامه با استفاده از نظریه‌یتابعی چگالی وابسته به زمان و بهره‌گیری از تکنیک شبه پتانسیل به بررسی طیف جذب اپتیکی تعدادی از ساختار‌هایکمینه‌ی سطح انرژی پتانسیل پرداختیم. در انتها نیز با گذاشتن یک یون در کنار سیستم قبلی و حذف کلاهک‌های آن، مسیر قبلی را تکرار نموده و کمینه‌های سطح انرژی پتانسیل جدید و همچنین طیف جذبآن‌هارا بررسی نموده‌ایم. در نهایت مشاهده شد که با اشباع پیوندهای هیدروژنی و مقید کردن الکترون‌های سیستم، باعث کاهش شدت جذب می‌شود؛ همچنین ساختار بدست آمده،بخاطر کم بودن تعداد آمینواسیدهایش، در کنار یون سدیم، دارای ساختاری حلقوی با محوریت سدیم است.

ارتقاء امنیت وب با وف بومی