Skip to main content
SUPERVISOR
اقافخر میرلوحی فلاورجانی (استاد راهنما) محمدرضا سبزعلیان دستجردی (استاد مشاور) محمد مهدی مجیدی (استاد راهنما)
 
STUDENT
Leila Aghili
لیلا عقیلی

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده کشاورزی
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1387

TITLE

Construction of an Interspecific Linkage Map of Safflower Based on RAPD Molecular Markers
Molecular markers are extensively used in human, plants and animals for basic and applied studies such as fingerprinting, allelic intergression, selectio of useful traits and construction of genetic maps. One of the most important key items for future plant breeding is genetic maps . A linkage map is a genetic map of a species or experimental population that shows the position of its known genes or genetic markers relative to each other in terms of recombination frequency, rather than as specific physical distance along each chromosome. Linkage mapping is also critical for identifying the location of genes that cause genetic diseases and shows the location of gene loci including the morphological, isozyme, protein and DNA markers along the chromosomes of living species. In plant breeding genetic maps with high genome coverage are becoming increasingly useful in both basic and applied researches. Genetic linkage maps serve several purposes including localization of interest genes , facilitating marker-assisted breeding, map-based cloning and QTL mapping. Iit of considerable advancement in genetic map construction in several economically important plants, such as rice, maize, sorghoum and wheat, there is limited studies in safflower. The objective of this work was to construct a genetic linkage map of safflower based on Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD) markers. Safflower is a diplpid (n=12), thistle –like member of the family Compositea that thrives in hot., dry climates. It is one of humanity oldest crops and has been traditionally grown for the production of fabric dyes and food coloring, as well as for medicinal purposes. Today safflower is cultivated mainly for it is seed, which is used for birdseed, animal feed meal, industrial application and most importantly edible oil production. RAPD primers can quickly generate a large number of scorable loci per single assay and generally give significant coverage of the genome without DNA sequence information. The population used in this research was an F 2 population of 117 progeny plants derived from a cross between cultivated Carthamus tinctorius L. genotype C 111 and a wild accession from C. oxyacanthus species, genotype ISF 2 . The DNA from the two parents and individual F 2 plants was extracted following CTAB method. Sixteen RAPD primers out of a set of 91 that showed polymorphism in parental genotypes were used on F 2 plants. These primers produced 81 bands in which 49 of them showed normal monogenic segregation of 3:1 in the F 2 generation. The linkage analysis was carried out using the 49 markers with normal segrigation and 39 of them fromed six linkage groups spaning a total length of 1225/5 cM at LOD score of 3 and a maximum distance of 50 cM using MAPMEKAR/EXP Ver 3.3.
امروزه نشانگرهای مولکولی مختلفی به وفور در انسان، گیاه، حیوان و ریزسازواره ها به منظور مطالعات پایه ای و یا کاربردی مورد استفاده قرار می گیرند. از کاربردهای مهم نشانگرهای مولکولی می توان به استفاده گسترده در انگشت نگاری، اینترگرسیون آلل ها وانتخاب صفات مفید و تهیه نقشه های ژنتیکی در برنامه های به نژادی محصولات اشاره کرد. نقشه های ژنتیکی با پوشش بالای ژنوم نقش بسزایی در تحقیقات پایه و کاربردی ژنتیک ایفا می کنند و از جمله کاربردهای نقشه های ژنتیکی می توان به مکان یابی ژن های مورد نظر، تسهیل در اصلاح گیاهان به کمک نشانگر، تهیه نقشه ها بر اساس کلون وتعیین مکان ژن های کنترل کننده صفات کمی اشاره نمود. پیشرفت های بسیاری در زمینه تهیه نقشه های ژنتیکی بویژه در محصولاتی مثل برنج، ذرت ،سورگوم و گندم وجود دارد ولی در گلرنگ که محصول نواحی خشک است مطالعه زیادی انجام نشده است. پژوهش حاضر به منظور تهیه نقشه پیوستگی ژنتیکی گلرنگ زراعیCarthamus tinctorius L. با استفاده از نشانگر مولکولیRAPD انجام شد. این تحقیق می تواند آغازی در زمینه تهیه نقشه ژنتیکی گلرنگ باشد. نشانگرRAPD از تکثیر بالایی برخوردار می باشد و نیاز به اطلاعات اولیه در مورد ردیفDNA ژنوم برای طراحی و ساخت آغازگر ندارد. جمعیت F2 که در این مطالعه استفاده شد شامل 117 گیاه از نتاج حاصل از تلاقی بین گونه ای گلرنگ زراعی با نام C111 و یک ژنوتیپ وحشی از گونه C. oxyacanthu به نام ISF2 بود. در این پژوهش DNA هرکدام از گیاهان F2 و والدین به روش CTAB استخراج شد و در واکنشPCR به منظور تکثیر باندهای چند شکل مورد استفاده قرار گرفت. از کل 91 آغازگر RAPD آزمایش شده در این تحقیق، 16 آغازگر در بین والدین پلی مورف نشان دادند و برای انجام PCR در بین117 نتاجF2 استفاده شدند. این 16 آغازگر 81 نشانگر تکثیر کردند که 32 (5/39%) نشانگر انحراف از تفرق 3:1 را نشان دادند و مابقی نشانگرها (49 نشانگر) با استفاده از نرم افزار Mapmaker/EXP Ver 3.3 با معیار حداکثر فاصله 50 سانتی مورگان و حداقل LOD برابر 3 به 6 گروه لینکاژی به طول cM 5/1225 شامل 39 نشانگر پیوسته و 10 نشانگر ناپیوسته تفکیک شدند.گروه های پیوستگی 1، 2 و 3 دارای بیشترین تعداد نشانگر بودند در حالی که بقیه گروه های پیوستگی تعداد نشانگر کمتری داشتند. بیشترین تعداد نشانگر موجود در گروه های پیوستگی 19 نشانگر بود که در گروه یک قرار گرفتند. علت تجمع تعداد زیادی نشانگر در این گروه ممکن است در نتیجه تمایل تجمع خوشه ای نشانگرRAPD در نواحی خاصی همانند نواحی هتروکروماتینی اطراف سانترومر و نواحی تلومری باشد. نتیجه تجزیه تکمیلی داده ها به همراه نشانگرهای مورفولوژیک و EST-SSR نیز شش گروه پیوستگی ایجاد کرد. این مجموعه شامل 41 نشانگر (5/58 درصد) پیوسته و 29 نشانگر (4/41 درصد) ناپیوسته به طول 9/1351 سانتی مورگان از کل ژنوم بود. در نهایت نمای کروموزومی گروه های پیوستگی با استفاده از نرم افزار Mapdraw Ver 2.2 ترسیم شد.

ارتقاء امنیت وب با وف بومی