Skip to main content
SUPERVISOR
Mansoureh Malekian,Mohamoud-Reza Hemami
منصوره ملکیان (استاد راهنما) محمودرضا همامی (استاد مشاور)
 
STUDENT
Parisa Sadeghi
پریسا صادقی شاپورآبادی

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده منابع طبیعی
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1393

TITLE

Application of eDNA for detecting the presence of Luristan newt in aquatic environment
Traditional techniques to detect the presence and absence of species in natural environments require field-based visual surveys which are time consuming and costly. In recent years, environmental DNA (eDNA) has emerged as a new tool which can reduce the cost and time and is a good complement for visual surveys. In this method, DNA is not isolated from tissues of live individuals but from environmental samples such as water. The use of eDNA is an innovative way for monitoring rare species, species inhabiting inaccessible habitats or for species that are present in an environment only at certain times (eg night habitats). This method is used in the current study to investigate the presence and absence of The Luristan newt (Neurerguskaiser) in its natural habitats. We collected water samples from 14 presence and absence sites and instantly added sodium acetate and absolute ethanol to fix the water samples. DNA was extracted, using IraiZol Kit, then species-specific primers were used in polymerase chain reaction to amplify a 320 bp fragment of the Cytochrome b gene. PCR products were visualized using electrophoresis on 2% agarose gel. We found that eDNA has the cabability of detecting the presence of newt in various water bodies with 78% accuracy. Our results suggest that environmental DNA offers great potential for use in detecting presence and absence of rare and secretive species such as Luristan newt in various ecosystems. Key words species presence and absence, Lorestan newt, eDNA, Environmental samples.
روش های مرسوم برای تعیین حضور یا عدم حضور یک گونه در محیط های طبیعی مستلزم کار صحرایی و مشاهده مستقیم گونه بوده است، که در کنار مشکلات و محدودیت های زیاد، صرف زمان و هزینه زیادی را نیز طلب می کند. امروزه در راستای صرفه جویی در هزینه و زمان، برای بررسی حضور یا عدم حضور یک گونه در محل از روش"دی.ان.ا محیطی" یا "eDNA"استفاده می شود. در رویکرد DNA محیطی،DNAبه طور مستقیم از بافت و اندام های بدن جاندار استخراج نشده بلکه DNA از نمونه های محیطی مثل نمونه آب استخراج می شود. از این روش به عنوان روش های ابتکاری- نظارتی یاد می‌شود که برای شناسایی گونه های نادر، گونه هایی که در زیستگاه های غیر قابل دسترس زندگی می‌کنند یا برای گونه هایی که فقط در زمان های خاص در یک محیط حضور دارند (مثلاً زیستگاه شبانه)، کاربرد دارد. در این مطالعه امکان‌ استفاده از این رویکرد در تعیین حضور و عدم حضور گونه نادر سمندر لرستان (Neurerguskaiseri) در زیستگاه طبیعی آن مورد بررسی قرار گرفت. نمونه آب از 14 سایت‌ حضور و عدم حضور گونه جمع آوری و بلافاصله ، DNA موجود در آن با استفاده از اتانول و سدیم استات تثبیت ‌گردید. پس از انتقال نمونه‌های تثبیت شده به آزمایشگاه، استخراج DNA آن با استفاده از کیت انجام شد. در مرحله بعد، با استفاده از فن PCR و با استفاده از پرایمر اختصاصی سمندر لرستان، قطعه ای از ژنوم سیتوکروم bگونه تکثیر و حضور یا عدم حضور گونه بر اساس مشاهده محصول PCRروی ژل تعیین گردید. در نهایت با مقایسه نتایج بدست آمده از PCR و حضور و عدم حضور واقعی، صحّت و دقت نتایج تعیین گردید. به طوریکه از 14 سایت موجود 11 سایت (78 %)، حضور و عدم حضور گونه به درستی قابل تعیین بود. بر اساس نتایج حاصل از این تحقیق، رویکرد eDNA می‌تواند در تعیین حضور و عدم حضور گونه‌‌های نادر همچون سمندر لرستان در زیستگاه‌های مختلف با فراوانی متفاوت مورد استفاده قرار بگیرد. کلمات کلیدی: حضور و عدم حضور، سمندر لرستان، DNA e، نمونه محیطی

ارتقاء امنیت وب با وف بومی