Skip to main content
SUPERVISOR
بهرام شریف نبی (استاد راهنما) غلامرضا بلالی (استاد مشاور) امیر مساح (استاد راهنما)
 
STUDENT
Avat Sharifi
آوات شریفی

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده کشاورزی
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1386

TITLE

Detection and Characterization of Double Stranded RNA (dsRNA) Elements in Rhizoctonia Solani Isolates Infecting Potato
Rhizoctonia solani (Telemorph: Thanatephorus cucumeris ) is a soil born plant pathogenic fungus with a wide host range and worldwide distribution that causes damages to the field crops, fruit trees, pasture and ornamental plants. The most common symptoms of root canker disease which is caused by Rhizoctonia is the black sclerotia on the surface of potato tubers, necrotic lesions on the roots, stems, and under ground parts of potato plants. The disease is very important in certified potato seed production and in addition to quantitative damages, it is effected the quality of the product and decreases its value in market. One of the important ways to control this fungus, which is nowadays considered, is the use of hypovirulent isolates containing viruses. Mycoviruses or fungal viruses are the kind of viruses that can replicate in fungal cells and so far more than 100 species of fungi belonging to different taxonomic groups have been reported. Most of these viruses have dsRNA genome, usually hidden in the fungal host and causing changes in their morphological, biochemical and pathological characteristics. The main purpose of this study is the detection of dsRNA in isolates of R. solani as a potato pathogen and study of its effect on morphological and pathological function of this fungus. The sampling were done in two years, 2007 and 2008, several times from infected potato fields in Isfahan province samples were collected and finally 55 isolates were obtained, their anastomosis groups and number of nuclei were determined. The dsRNA extraction from these mentioned isolates was performed by using cellulose column and after treatment with DNasel, RNaseA and S1Nuclease, dsRNA pieces with about 0/8 and 3 kb size, identified in E1-10 and E1-12 isolates respectively, that were belonging to Azadegan plain and also four ieces with size of about 0.8, 1.2, 3 and 22 kb in E4-3 isolate and two pieces with size of about 0.7 and 1 kb in E3-4 isolate, both belonging to Sepid Dasht (plain) were identified. The fragment in E1-10 isolate, amplified after purification from gel, using random PCR and K1, K2 primers and the bands were cloned and sequenced. The sequence of this isolate compared with the sequences in GenBank by using the Blast search tool in NCBI database, no similarity was seen in the sequences. Results from pairwise alignment of this sequence with multiple dsRNA sequences which were from GenBank and comparing them with pairwise alignment together showed that the above fragments could have a viral origin. Finally some isolates without dsRNA were compared with isolates containing dsRNA to evaluate the effect of dsRNA on morphological traits of colonies, mycelial growth and pathogenicity in R. solani . These isolates did Key words : dsRNA, R. solani, virus, fungi
قارچ Rhizoctonia solani یک بیمارگر گیاهی خاکزاد و همه جازی با دامنه میزبانی وسیع بوده که سالانه خسارات‌زیادی به محصولات زراعی، درختان مثمر و غیرمثمر، گیاهان مرتعی و زینتی وارد می کند. اسکلروت‌های سیاه روی سطح غده و زخم‌های نکروتیک فرورفته روی ریشه، ساقه و اجزای زیرزمینی سیب‌زمینی‌، معمولترین علائم بیماری شانکر ریشه ناشی از رایزکتونیا می باشد. این بیماری در تولید بذر گواهی شده سیب‌زمینی‌اهمیت فراوان داشته و علاوه بر خسارت کمی، از نظر کیفی نیز محصول را تحت تأثیر قرار داده و ارزش بازارپسندی آن را کاهش می‌دهد. یکی از مهمترین روش های کنترل این قارچ که امروزه مورد توجه قرار گرفته است، استفاده از جدایه های کم آزار حاوی ویروس می باشد. مایکوویروس ها یا ویروس های قارچی ویروس هایی هستند که قادر به تکثیر در سلول های قارچی بوده و تاکنون در بیش از 100 گونه از قارچ های متعلق به گروههای تاکسونومیکی مختلف گزارش شده اند. اکثر این ویروس‌ها دارای ژنوم dsRNA بوده، معمولاً در میزبان های قارچی به صورت نهفته وجود دارند و باعث ایجاد تغییر در خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و بیماری زایی آنها می گردند. هدف اصلی تحقیق حاضر ردیابی dsRNA در جدایه های R. solani آلوده کننده سیب زمینی وبررسی تاثیرآن در مورفولوژی و بیماری زایی این قارچ می باشد. بدین منظور در سال های 1386 و 1387 در چندین نوبت از مزارع سیب زمینی آلوده به رایزوکتونیا در استان اصفهان، نمونه برداری انجام شد و در نهایت 55 جدایه این قارچ جداسازی، شناسایی و گروه های آناستوموزی آنها نیز مشخص گردید. از جدایه های مذکور با استفاده از ستون سلولزی، استخراج dsRNA انجام شد و پس از تیمار با DNaseI، RNaseA و S1Nuclease، قطعات dsRNA با اندازه های حدود 8/0و سه کیلوباز به ترتیب در جدایه هایE1-10 و E1-12 متعلق به دشت آزادگان و چهار قطعه با اندازه های حدود 8/0 2/1، 3 و 22 کیلوباز در جدایه E4-3و دو قطعه با اندازه های حدود 7/0 و یک کیلوباز در جدایه E3-4، هر دو متعلق به سپید دشت، تشخیص داده شد. قطعه موجود در جدایه ٍE1-10 پس از خالص سازی از ژل، با استفاده از random PCR و به کمک آغازگرهای K1 و K2 تکثیر و باندهای حاصل همسانه سازی و توالی یابی گردید. مقایسه توالی این جدایه با توالی های موجود در GenBank با استفاده از ابزار جستجوی BLAST پایگاه اطلاعاتی NCBI، شباهتی بین این توالی ها نشان نداد. نتایج حاصل از همردیف سازی دوتایی توالی این قطعه با توالی چندین dsRNA موجود در GenBank و مقایسه آن با همردیف سازی دوتایی این توالی ها با یکدیگر نشان داد که قطعه فوق می تواند منشا ویروسی داشته باشد. در نهایت به منظور بررسی اثر dsRNA بر مشخصات ظاهری پرگنه، رشد میسلیومی و بیماری زایی R. solani ، تعدادی از جدایه های فاقد dsRNA با جدایه های دارای dsRNA مقایسه شدند. این جدایه ها از نظر مشخصات ظاهری پرگنه تفاوت قابل ملاحظه ای با یکدیگر نداشتند اما تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم افزار SAS نشان داد که جدایه E1-10 از لحاظ رشد میسلیومی و واژه های کلیدی: dsRNA، R solani

ارتقاء امنیت وب با وف بومی