درختان میوه هسته دار تحت تاثیر تعداد زیادی از ویروس ها قرار می گیرند که باعث خسارات اقتصادی قابل توجهی می شوند. ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) یکی از شایع ترین ویروس های هسته دارها می باشد که از جنس Ilarvirus و خانواده Bromoviridae بوده و انتشار جهانی دارد. این ویروس در مناطق معتدله جهان روی درختان میوه هسته دار شامل گیلاس، آلبالو، بادام، هلو، زردآلو، آلو و بسیاری از ارقام زینتی و وحشی گیلاس، هلو و آلو و برخی گونه های زینتی از قبیل رز گسترش دارد و سیب، زالزالک و گردو را نیز آلوده می کند. بعضی از جدایه های PNRSV در میزبان خود علایمی ایجاد نمی کنند ولی بروز لکه های کلروتیک و نکروتیک، لکه غربالی، پیچیدگی و بدشکلی برگ و صمغ زدگی در میوه، از علایم مشخص اغلب جدایه ها می باشد. این ویروس قبلا از بعضی مناطق ایران گزارش شده است ولی هیچ اطلاعات مولکولی از جدایه های ایرانی در دسترس نمی باشد. در این تحقیق به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها، در بهار و تابستان سال های 1388 و 1389 از برگ درختان دارای علایم ویروسی از باغات استان های چهارمحال وبختیاری و اصفهان نمونه برداری شد و بررسی آلودگی نمونه ها با استفاده از آزمون double antibody sandwich ELISA (DAS ELISA) و آنتی سرم چند همسانه ای PNRSV بررسی شد، همچنین تعدادی از نمونه ها نیز با استفاده از جفت آغازگر Ilar1 Ilar2 بصورت مستقیم تحت واکنش آزمون IC-RT-PCR قرار گرفتند. آلودگی تعداد قابل توجهی از نمونه ها در آزمون الیزا و IC-RT-PCR (باتکثیر قطعه مورد انتظار با اندازه bp 206) تایید شد. به منظور تکثیر ژن پروتئین پوششی ویروس جهت توالی یابی و انجام مقایسات مولکولی، تعدادی از نمونه های آلوده با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی PNRSV? PNRSV?? مورد بررسی قرار گرفتند. قطعات DNA تکثیر شده با جفت آغازگرهای Ilar1 Ilar2 و PNRSV? PNRSV?? همسانه سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی شدند. با توجه به گونه میزبان و منطقه جغرافیایی، نمونه های توالی یابی شده شامل شش جدایه آلبالو چم چنگ، بادام لردگان،بادام امامیه،بادام سامان، گیلاس فارسان و هلو نطنز بود. نتایج حاصل از BLAST توالی ها نشان دهنده ویروسی بودن قطعات تکثیر شده با جفت آغاز گرهای Ilar1 Ilar2 و PNRSVI PNRSVII و وجود همولوژی بالای آن ها با توالی جدایه های PNRSV موجود در بانک ژن بود. همچنین مشخص شد قطعه تکثیر شده با جفت آغاز گر PNRSVI PNRSVII شامل توالی ژن پروتیین پوششی ویروس به استثنای 67 نوکلئوتید ناحیه ?5 آن می باشد.