بررسی تنوع ژنتیکی ویروس نکروز عفونی مراکز خونساز (IHNV) در مزارع پرورش ماهی قزل‌آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss) ایران

STUDENT

DEGREE

YEAR

Infectious hematopoietic necrosis (IHN) is one of the most serious fish diseases in salmon and trout, including economically important species like rainbow trout ( Oncorhynchus mykiss ), chinook ( Oncorhynchus tshawytscha ), sockeye ( Oncorhynchus nerka ) and others. IHN outbreaks may occur on farms rearing fry or juvenile rainbow trout in fresh water and cumulative mortality may reach 90% or more, depending on the fish species and size, virus strain, and environmental conditions. The causative agent of IHN is a Rhabdovirus of the genus Novirhabdovirus, known as Infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV). The aim of this study is to evaluate the prevalence and genetic diversity of IHNV based on the partial G gene in order to evaluate genetic relatedness to representative strains and reveal the origin of current strain and prevalence of diseases. From December 2013 to July 2015, 11 major rainbow trout culture provinces surveyed and 33 suspected farms were selected for sampling, According to OIE protocol, anterior kidney, spleen, and heart dissected and immediately fixed using the RNAlater kit (Qiagen). RNA extraction was performed using the Qiagen kit according to manufacturer protocol. cDNA synthesis and polymerase chain reaction carried out by Frmentas and JenetBio kits, respectively. Size band (693bp) characterized using gel electrophoresis and sequenced by Sanger method. Phylogenetic analysis carried out by CLC Genomic Workbench software and NCBI database. This study showed Chahar Mahaal Va Bakhtiari has the highest prevalence of IHNV among 5 infected provinces and average prevalence in Iranian rainbow trout farms was 18.18%. Iranian isolates differ only in two and one of isolates (IHNV93) was completely identical to Italian isolate in 2015 and belong to E Genogroup. According to the identity of isolates of the same year, it seems in 2015, new isolate IHNV93 imported from Italy and replaced from previous prevailing IHNV isolate, IHNV92. Keywords : IHNV, rainbow trout, ( Oncorhynchus mykiss ), Genetic diversity, Phylogenetics

نکروز عفونی مراکز خونساز (IHN) یکی از مهم‍ترین بیماری‍های ماهی‌های قزل‌آلا و سالمون، به خصوص انواع با اهمیت اقتصادی بالا مانند قزل‌آلای رنگین کمان و سالمون چینوک است. تلفات تجمعی بیماری به بیش از 90 درصد می‌رسد. عامل بیماری یک Rhabdovirus از جنس Novirhabdovirus به نام ویروس نکروز عفونی مراکز خونساز (IHNV) است. هدف از این مطالعه ارزیابی شیوع و تنوع ژنتیکی ویروس IHNV در مزارع پرورش قزل‌آلای رنگین‌کمان بر اساس توالی قسمتی از ژن G ویروس می‌باشد تا بدین وسیله بتوان منشاء اصلی ویروس و الگوی پراکنش آن در کشور را بررسی نمود. از زمستان 1392 تا تابستان 1394، 33 مزرعه مشکوک از 11 استان مهم پرورش ماهی‌ قزل‌آلای رنگین کمان مورد نمونه‌گیری قرار گرفتند. مطابق دستورالعمل سازمان جهانی بهداشت حیوانات، قلب، طحال و کلیه قدامی به صورت نیمه سترون جدا گردیده و بلافاصله در محلول RNAlater محصول شرکت Qiagen غوطه‌ور شدند. استخراج RNA با کیت استخراج RNA محصول شرکت Qiagen و مطابق با دستورالعمل تولیدکننده انجام شد. cDNA با استفاده از کیت ساخت شرکت Fermertas ساخته شد. واکنش PCR به کمک کیت JenetBio انجام گرفت. قطعه bp693 تکثیری به کمک الکتروفورز شناسایی شده، با روش خاتمه زنجیره توالی‌یابی گردید. آنالیز فیلوژنتیک با نرم افزار ClC Genomic Workbench و با استفاده از پایگاه داده NCBI انجام گردید. این مطالعه نشان داد از میان 5 استان آلوده به IHNV، استان چهارمحال و بختیاری پیشترین میزان شیوع بیماری را دارد و شیوع کل در مزارع پرورش قزل‌آلای رنگین کمان ایران، %18/18 اندازه‌گیری شد. جدایه‌های ایرانی تنها در دو جایگاه نوکلئوتیدی اختلاف نشان دادند. جدایه‌ی IHNV93 با یک جدایه ایتالیایی شناسایی شده در سال 2015 مطابقت کامل داشت و مربوط به ژنوگروپ E بود که در اروپا شایع می‌باشد. با توجه به یکسان بودن جدایه‌های هر سال، به نظر می‌رسد سویه جدید IHNV93 در سال 2015 از ایتالیا وارد کشور شده و جایگزین سویه غالب قبلی (IHNV92) گردیده است. کلمات کلیدی: IHNV، ویروس نکروز عفونی مراکز خونساز، قزل‌آلای رنگین کمان، تنوع ژنتیکی، فیلوژنتیک