Skip to main content
SUPERVISOR
مهرنوش فروتن (استاد مشاور) سعید انصاری مهیاری (استاد راهنما)
 
STUDENT
Farideh Razmjoo
فریده رزمجو

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده کشاورزی
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1396

TITLE

Mating strategies for controlling the rate of inbreeding in dairy cattle population
The aim of this study was to compare four different mating strategies in a dairy cattle population to study the effects of inbreeding coefficient on genetic and phenotypic trends and inbreedingdepression in traits such as milk production with moderate heritability with using simulation. For this purpose, four mating strategies and three methods of estimating inbreeding were examined. In the first strategy, selection and mating in the simulated population was done randomly. The second strategy was an optimal mating to reduce inbreeding and increase genetic gain. For this purpose, individuals with the highest breeding value were selected and mated based on the lowest amount of inbreeding. In the third strategy, random selection and mating were based on minimize inbreeding without considering genetic gain. In the fourth strategy, individuals were mixed based on the highest breeding value (positive assortative). Also, to calculate inbreeding in the simulated population, three methods of estimating pedigree inbreeding (F PED ), genomic relation matrix (F GRM ) and base on run of homozygosity (F ROH ) with a minimum length of 25 were used. simulation and mating strategies in ten generations were performed QMSim and 1101 softwares was used to estimate inbreeding. Comparing the three methods of estimating inbreeding (F PED , F GRM and F ROH ), we concluded that the inbreeding estimate based on ROH 25 provided a closer estimate of pedigree inbreeding and a high correlation with pedigree inbreeding and relationship matrix inbreeding. Therefore, due to the problems in pedigree data and also not being dependent on allelic frequency, estimating inbreeding in populations based on this method can be more desirable. The results also showed that if the goal in a breeding program is progress despite the limitation in the rate of increase in inbreeding gain and also the least inbreeding deprission, the optimal mating strategy is more desirable. Key Words: Inbreeding, Mating strategies, Inbreeding depression, Dairy cow, Simulation
هدف از این مطالعه مقایسه چهار استراتژی آمیزشی مختلف در یک جمعیت گاو شیری در جهت مطالعه تغییرات نرخ هم خونی بر روند ژنتیکی و فنوتیپی و افت ناشی از هم خونی در صفتی نظیر تولید شیر با وراثت پذیری متوسط با استفاده از شبیه سازی بود. بدین منظور چهار استراتژی آمیزشی و سه روش برآورد هم خونی مورد بررسی قرار داده شد. در استراتژی اول انتخاب و آمیزش در جمعیت شبیه سازی شده بصورت تصادفی انجام گرفت. استراتزی دوم یک آمیزش بهینه در جهت کاهش هم خونی و افزایش پیشرفت ژنتیکی بود. بدین منظور افراد با بالاترین ارزش اصلاحی انتخاب و براساس کمترین مقدار هم خونی با یکدیگر آمیزش داده شدند. در استراتژی سوم انتخاب افراد بصورت تصادفی و آمیزش براساس حداقل هم خونی بدون در نظر گرفتن پیشرفت ژنتیکی بود. در استراتژی چهارم افراد براساس بالاترین ارزش اصلاحی (جور شده مثبت) آمیزش داده شد. همچنین جهت محاسبه هم خونی در جمعیت شبیه سازی شده از سه روش برآورد هم خونی شجره ای(F PED ) ، ماتریس روابط ژنومی(F GRM ) و توالی رشته های هموزایگوت( F ROH ) با حداقل طول 25 استفاده شد. شبیه سازی جمعیت و اجرای استراتژی های آمیزشی در ده نسل با استفاده از نرم افزار QMSim صورت گرفت و جهت برآورد هم خونی از نرم افزار 1101 استفاده شده است. در مقایسه با سه روش برآورد هم خونی(F PED ،F GRM وF ROH )، به این نتیجه دست یافتیم که برآورد هم خونی براساس 25 ROH برآورد نزدیکتر به هم خونی شجره ای ارائه داده است و همبستگی بالایی با هم خونی شجره و ماتریس روابط ژنومی دارد. بنابراین با توجه به مشکلات موجود در داده های شجره و همچنین وابسته نبودن به فراوانی آللی برآورد هم خونی در جمعیت ها بر اساس این روش می تواند مطلوب تر باشد. همچنین نتایج نشان داد که اگر هدف در یک برنامه اصلاح نژادی پیشرفت با وجود محدودیت در میزان افزایش رشد هم خونی و همچنین کمترین افت ناشی از هم خونی باشد استراتژی آمیزشی بهینه مطلوب تر است. کلمات کلیدی: هم خونی، استراتژی های آمیزشی، افت هم خونی، گاو شیری، شبیه سازی

ارتقاء امنیت وب با وف بومی