سیاهک ها از مهمترین بیماری های قارچی غلات هستند که سالیانه خسارت قابل توجهی به این محصولات در کشور وارد می سازند. عوامل سیاهک ساپروفیت های اختیاری هستند که روی محیط کشت به صورت مخمری(هاپلوییدی)تکثیر می یابند ولی معمولاً به صورت ریسه دو هسته ای انگل اجباری گیاهان می باشند. قارچ های مولد سیاهک متعلق به شاخه Basidiomycota و دو رده Ustilaginomycetes و Exobasidiomycetes هستند. آنها روی گیاهان تک لپه ای (تیره گرامینه) و ندرتاً دو لپه ای ها ایجاد آلودگی می کنند. شکل سورها، رنگ، اندازه، شکل و تزئینات اسپورها، سلول های نازا، ساختارهاگ گوی ها و نوع جوانه زنی اسپورها صفاتی بسیار مهم و قابل توجه در تاکسونومی قارچ های زیر شاخه Ustilaginomycotina می باشند. در این مطالعه به منظور شناسایی و جمع آوری عوامل سیاهکی، از گرامینه های اهلی و وحشی مزارع و مراتع آلوده به سیاهک در استان های اصفهان و چهار محال و بختیاری نمونه برداری انجام گردید و پس از شناسایی میزبان های آلوده در حد گونه، ویژگی های ریخت شناسی و جوانه زنی تلیوسپور گونه های سیاهک هر میزبان با دو میکروسکوپ نوری و فلورسنت مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از بررسی خصوصیات ریخت شناسی به وسیله دو میکروسکوپ برای هر گونه یکسان بود. جنسهای سیاهک در مناطق مورد مطالعه به ترتیب، جنس Ustilago با هشت گونه، Tranzcheliella سه گونه، Tilletia دو گونه، Sporisorium یک گونه و Urocystis یک گونه شناسایی شدند. در این پژوهش گونه Ustilago hypodytes با نام جدید Tranzcheliella hypodyte s روی Psathyrostachys fragilis ،گونه Ustilago williamsii تحت عنوان Tranzcheliella williamsii روی Stipa barbata ، همچنین گونه Ustilago iranica با نام جدید Tranzcheliella iranica روی Stipa barbata به عنوان میزبانان جدید برای اولین بار از ایران گزارش می گردد. سیاهک Tranzscheliella iranica هنوز گونه اندمیک ایران است که تنها در دو منطقه البرز و یزد دیده شده است، همچنین معرفی Taeniatherum crinitum به عنوان میزبان جدیدگونه Ustilago phrygica از دستاوردهای این تحقیق بود. از آنجا که دو گونه Tilletia controversa و Tilletia caries از نظر مورفولوژیکی و ساختار ژنتیکی به قدری مشابهند که برخی آنها را یک گونه در نظر گرفته و آنها را موتانت یکدیگر می دانند، بررسی امکان تمایز آنها با استفاده از ژن های ITS, EF1-?, RPB2 هدف دیگر این پژوهش بود. بعد از استخراج DNA ژنومی برای تکثیر جدایه ها از آغازگرهای ) ITS(4,5، EF1(636,1567) ،RPB2(740, 1365) استفاده گردید. بررسی های انجام شده، امکان تمایز کامل و دقیق این دو گونه را فراهم نکرد. تجزیه واریانس مولکولی به اعضای تشکیل دهنده در مورد ژن RPB2 نشان داد این ناحیه ژنی نسبت به سایر نواحی مورد بررسی ، تنوع بالاتری بین افراد گونه ها دارد و در مقام مقایسه با سایر ژن های مورد بررسی، بهتر عمل می کند ولی ترکیب این نواحی تمایز بهتری را بین دو گونه قائل شد، طوری که افزایش قطعات تکثیر یافته توانست به صورت دقیق گونه های مورد نظر را از یکدیگر متمایز کند. محاسبات نشان داد افراد درون گونه T.controversa در ناحیه ژنی EF1- ? و ITS متنوع تر از افراد گونه T.caries می باشند، ولی ژن RPB2 تنوع بالاتری در بین افراد گونه T.caries نشان داد. به دلیل کم بودن اطلاعات موجود در منابع، نتایج این مطالعه ضرورت کار روی تعداد بیشتری جدایه از هر دو گونه را در مورد نواحی ژنی ، نشان می دهد. کلمات کلیدی : سیاهک، ریخت شناسی، تمایز ژنتیکی، ITS, EF1-? , RPB2