Skip to main content
SUPERVISOR
Amir Massah,Ali Ahoonmanesh
امیر مساح (استاد راهنما) علی اهون منش (استاد راهنما)
 
STUDENT
Mehdi Shahpasandi
مهدی شاه پسندی

FACULTY - DEPARTMENT

دانشکده کشاورزی
DEGREE
Master of Science (MSc)
YEAR
1384

TITLE

Identification and Determination of Certain Molecular Properties of Poleroviruses Infecting Sugar Beet in Isfahan and Charmahal -O- Bakhtiari Provinces
Members of the genus Polerovirus ( Luteoviridae ) that cause yellowing in sugar beet consist of three species, Beet mild yellowing virus (BMYV), Beet western yellows virus (BWYV) and Beet chlorosis virus (BChV). For detection and determination of certain molecular properties of poleroviruses infecting sugar beet during 1385-1386, 571 leaf samples of sugar beet with yellowing and thickening symptoms in older leaves were collected from sugar beet fields at Isfahan and Charmahal-o-bakhtiary provinces. Samples were tested using a polyclonal BWYV antibody in DAS-ELISA technique. None of samples in Chahar mahal-o-bakhtiary province were infected to poleroviruses of infecting sugar beet. Of the 290 Isfahan samples tested, 5 samples recognized infected to polerovirus by DAS-ELISA. RT-PCR was conducted on the ELISA-positive samples using specific primers of beet poleroviruses. The primer used to amplify ORF3 (Coat protein gen) of beet poleroviruses was CP+ and CP-. Three sets of primers were used to amplify ORF0 of beet poleroviruses consisting of MpxBM+ and MpxBM-, MpxBW+ and MpxBW- and MpxBC+ and MpxBC- for specific detection of BMYV, BWYV and BChV, respectively. Expected sizes of 563 bp and 441 bp were amplified using CP+ and CP- and MpxBM+ and MpxBM- primers, respectively. These specific amplifications represent presence of BMYV in infected sugar beet samples. The PCR products of an isolate named BMYV-Lav were cloned and sequenced. Multiple alignment of deduced amino acid sequence of ORF0 gene of BMYV-Lav and those of other poleroviruses infecting beet and rape revealed the highest similarity with BMYV-1 isolate (98%), whereas analysis of amino acid CP gene showed the highest similarity with a BWYV isolate (97.9% with Brassica yellow virus-GB). In phylogenetic analysis based on amino acid sequence of ORF0 gene (a gene at 5' end of genome), BMYV-Lav was placed in BMYV isolates group, whereas alignment of Coat protein (CP) gene (a gene at 3' end of genome) of BMYV-Lav showed that BMYV-Lav isolate was closer to BWYV isolates than BMYV isolates. These results suggested taking place of recombination in BMYV-Lav.
. اعضاء جنس Polerovirus از خانواده Luteoviridae که باعث بروز زردی در چغندرقند می شوند شامل سه گونه Beet mild yellowing virus (BMYV)، Beet chlorosis virus (BChV) و Beet western yellows virus (BWYV) هستند. به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات ملکولی پلروویروس های آلوده کننده چغندر قند در دو استان اصفهان و چهارمحال وبختیاری در سال های 1385 و 1386 با بازدید تعدادی از مزارع چغندرقند این دو استان، نمونه برداری انجام شد. نمونه های جمع آوری شده ابتدا با آزمون DAS-ELISA و با استفاده از آنتی بادی چندهمسانه ای BWYV مورد بررسی قرار گرفتند. از 216 نمونه جمع آوری شده از مزارع استان چهار محال وبختیاری هیچکدام در آزمون الیزا واکنش مثبت نداشتند. ولی از 290 نمونه های جمع آوری شده در استان اصفهان پنج عدد در آزمون الیزا مثبت ارزیابی شدند. نمونه های الیزا مثبت با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی پلروویروس های آلوده کننده چغندر قند در آزمون RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. از نمونه های جمع آوری شده از منطقه لورک یک قطعه bp 563 با استفاده از جفت آغازگر CP+/CP- و یک قطعه bp 441 با استفاده از جفت آغازگر MpxBM+/MpxBM- تکثیر شد که نشان دهنده ی آلودگی آن ها به BMYV بود. قطعات تکثیر شده در PCR شامل قطعات bp 563 و bp 441 مربوط به جدایه لورک همسانه سازی و تعیین توالی شدند. مقایسه قطعات توالی یابی شده با ابزار جستجوی Blast شباهت بالای آنها را با توالی پلروویروس های آلوده کننده موجود در بانک ژن آشکار ساخت. همردیف سازی چندتایی قطعات توالی یابی شده، با جدایه های موجود در بانک ژن در سطح آمینواسیدی با نرم افزار DNAMAN انجام شد. همردیف سازی چند تایی توالی آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی جدایه های لورک (BMYV-La) با سایر جدایه ها، بیشترین شباهت این جدایه را با جدایه ی انگلیسی BrYV-GB (AF167486) به میزان 9/97% نشان داد. میزان تشابه BMYV-La با دیگر جدایه ایرانی موجود در بانک ژن BMYV-Iran (AF167479) به میزان 4/90% بود. همردیف سازی چندتائی توالی توالی آمینو اسیدی قطعه bp441 از ناحیه ?5 ORF0 جدایه لورک با قطعات متناظر خود در جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه لورک بیشترین تشابه را با جدایه BMYV-1 (AF168598) از انگلستان به میزان 98% دارد. میزان تشابه جدایه لورک با جدایه BMYV-Ira به میزان 2/93% بود. در درخت تبارزایی که براساس توالی آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی جدایه ی لورک BMYV-La و جدایه های انتخابی از بانک ژن و به روش Neighbor-joining با 1000 بار Bootstrap رسم شد، جدایه های چغندرقند لورک همراه با جدایه های آلوده کننده گیاهان خانواده Brassicaceae در یک گروه قرار گرفتند. رسم درخت تبارزایی که براساس قسمتی ازتوالی آمینواسیدی ژن ORF0 جدایه ی لورک BMYV-La و جدایه های انتخابی از بانک ژن رسم شد، نشان داد جدایه ی چغندر قند لورک همراه با جدایه BMYV-Iran با جدایه های BMYV که از نظر بیولوژیکی قادر به آلوده کردن کیسه کشیش می باشند در یک گروه قرار می گیرند. قرار گرفتن جدایه لورک بر اساس توالی آمینواسیدی ژن CP واقع در ´3 ژنوم و ژن ORF0 واقع در ´5 ژنوم در دو گروه

ارتقاء امنیت وب با وف بومی